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残業申請していない社員に、「残業代」は支払わなくてよい?
残業する時は、会社に申請するルールがあります。しかし、申請をせずに残業している社員がいます。この場合、会社は残業代を支払う義務があるでしょうか?
ご質問のケースですが、
会社の指示ではなく「本人が勝手に残業」をしている場合は、
会社は、残業代を支払う必要はありません。

ただし、会社の指示がなくても残業をしている状態が
恒常的に発生している場合は、この状況を「会社が黙認」
しているものと判断され、残業代の支払い義務が生じる事にも
なりかねません。

この黙示の指示については、行政通達でも
「自主的時間外労働の場合は、労働時間ではないが、
黙示の命令があると判断されるような場合は、
労働時間にあたる」としています。
(S23.7.13基発1018・1019号)

このような自発的残業に対処するためには、
上司等が社員の残業について管理し、業務の進捗状況により
残業が必要な場合はその都度許可や指示を出したり、
残業の必要がない場合には社員に帰宅を命じる等、
適正に労働時間を管理する必要があります。
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