生活費目当てか？ 帰宅せず、残業の多い部下への対処法は？

ご質問の状況では、会社から業務指示が出ていないにも関わらず、
社員の方の判断で残業をされているようです。

前提として、まず所属長の許可を得ていない残業に対しては、残業代を
原則支払う必要がありません。

残業については、「許可制」を採用し、労働時間の管理方法について
見直しを行うことをお勧めいたします。

また、会社がこの状態を黙認していると、「黙示」の業務指示があったと
みなされる可能性があります。ご質問の若手社員の方に業務中の事故や
過重労働による健康被害が発生した場合、使用者の安全（健康）配慮義務
を怠ったとみなされ、損害賠償の問題にまで発展する可能性もあります。

労働時間の適正な把握を行うためには、単に1日何時間働いたかを
把握するのではなく、タイムカード等の打刻時刻と業務指示書及び
これに対する報告書等からも判断する必要があります。

その中から、会社が必要と認めた業務についてのみ残業を認めると
いったルールを設けてみてはいかがでしょうか。