休職期間に関する規定変更は休職中の社員にも適用されますか？

休職中であっても在籍されていることになりますので、就業規則変更後の規程が適用されることになります。

原則として、使用者は労働者と合意することなく、不利益に労働条件を変更することはできませんが、労働条件を変更するにあたり“合理的な理由がある場合”にはこれに同意しない労働者も拘束されるものとなります。

判例でも「新たな就業規則の作成又は変更によって、既得の権利を奪い労働者に不利益な労働条件を一方的に課することは、原則として許されないが、労働条件の統一的かつ画一的な決定を建前とする就業規則の性質からいって当該規則条項が合理的なものであるかぎり、個々の労働者において、これに同意しないことを理由として、その適用を拒否するこ
とは許されない」（前掲秋北バス事件）と判示しています。

規定の設定・変更にあたっては、それが合理的なものであるかどうかや労働者の受ける不利益を十分に検討する必要があります。その上で、休職中の社員の方については、規定の説明や、必要に応じた個別の対応を検討されるのがよろしいかと思います。