残業代の代わりに営業手当を支払うのは、問題ありませんか？（人事労務Q&A）

外回りの営業職など、社外業務の労働時間を把握することが難しい場合、「事業場外のみなし労働時間制」（労働基準法38条の2）を採用することが可能です。

「事業場外のみなし労働時間制」とは、具体的な指揮監督が及ばない仕事を事業場外で行う場合、実際の労働時間に関係なく一定の時間労働したものとみなす制度です。たとえば、社外業務に必要とされる平均的な時間が1日8時間である場合には、労働時間を算定することなく、8時間働いたものとみなします。

みなす時間は「その業務を行うのに通常必要な時間」であり、労使協定で定める必要があります。また「みなす時間」が法定労働時間を超える場合は三六協定の締結が必要となり、法定労働時間を超える分については割増賃金も発生します。

ご質問のケースのように残業手当（割増賃金）として「営業手当」を支給する場合、上記のようなみなし労働時間制が導入されているかどうか、またその金額が、みなす時間の割増賃金相当額以上の額になっているかをご確認頂ければと思います。