貴社の取引環境の改善につきましては、相手があってのことですので、中小企業としては非常に悩ましいところではあることはよく理解できます。
労務上の対策としては、時間外労働が多い従業員については職務の見直し、分担を検討するとともに、職場の勤務体制に合わせたフレックスタイム制や裁量労働制の導入などを検討されてはいかがでしょうか。
今年度の受付は終了してしまいましたが、中小企業庁では、生産プロセスの改善に必要な設備投資等を支援するため、「ものづくり・商業・サービス補助金」を用意しています。設備投資等とあわせて専⾨家に依頼する費⽤も⽀援対象となっていますので、この様な制度を活用して業務改善に取り組まれてはいかがでしょうか。
参考サイト ものづくり・商業・サービス補助金
https://map.mirasapo.jp/subsidy/23414.html
また、ご相談頂いたとおり、働き方改革において、時間外労働の上限規制が強化されました。その内容は下記の通りです。
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(1)36協定における時間外労働は月45時間を原則とし、45時間を超える特別条項が適用される月数は1年について6カ月までとすること
(2)特別条項がある場合でも、1カ月の時間外労働は休日労働を含めて100時間未満、年間の時間外労働の上限は720時間とすること
(3)複数月（2カ月から6カ月）の平均で、時間外労働と休日労働の合計時間は80時間以内とすること
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罰則規定となっていて、違反した場合には、「6か月以下の懲役または30万円以下の罰金」が科されます。大企業においては2019年4月から、中小企業においては2020年4月から適用されます。ぜひ対策をご検討ください。
