欠勤が続いている従業員が、健康診断を受けなかった場合、 会社に何か罰則がありますか？

ご質問について、『定期健康診断の受診』を前提にご回答いたします。

欠勤状態が続いている従業員であっても、
健康診断を受けていない状態が続くようであれば、
会社が罰則を受ける可能性はあります。

ただし、会社が健康診断を受けることを促しているにも関わらず
それを拒否している場合は、ただちに会社側の義務違反として
罰則が適用されるものではないと考えます。

会社は従業員に対し、労働安全衛生法第66条に基づき、
従業員に対して、医師による健康診断を実施する義務があるのと
同様に、従業員も会社が行う健康診断を受けなければならない義務が生じます。

なお、会社側には、法による罰則規定がありますが、
従業員側には、健康診断を受けないことによる罰則規定は設けられていません。

会社が義務の履行をしていることを証明するため、
当該従業員について、健康診断を受けるよう通知を行い、
その記録を残しておくことを推奨いたします。

上記のほか、会社側の対応として
当該従業員を就業規則（健康診断に関する規定等）に違反する
として懲戒処分を行なうことは法的にも可能です。