マイナンバー。社員から提出拒否されたらどうすればいい？（人事労務Q&A）

マイナンバー法において、マイナンバー対応は、事業主にとって義務的なものです。

しかし、マイナンバーの事業主への提供を従業員に義務付ける規定はありません。
もちろん、提供を拒んだことを理由に罰則が科せられることもありません。

そのため、事業者・団体においては自らの業務を行うために必要な
マイナンバーの収集について、従業員にしっかりと説明し、理解と
信頼を得ていく必要があるでしょう。

しかし、それでも理解を得られず、提出がされない場合について、
国税庁ＨＰでは以下のように記載されています。

==========================================

法定調書作成などに際し、個人番号の提供を受けられない場合でも、
安易に個人番号を記載しないで書類を提出せず、個人番号の記載は、
法律（国税通則法、所得税法等）で定められた義務であることを伝え、
提供を求めてください。

それでもなお、提供を受けられない場合は、提供を求めた経過等を
記録、保存するなどし、単なる義務違反でないことを明確に
しておいてください。

経過等の記録がなければ、個人番号の提供を受けていないのか、
あるいは提供を受けたのに紛失したのかが判別できません。
特定個人情報保護の観点からも、経過等の記録をお願いします。

なお、法定調書などの記載対象となっている方全てが
個人番号をお持ちとは限らず、そのような場合は個人番号を記
載することはできませんので、個人番号の記載がないことをもって、
税務署が書類を受理しないということはありません。

https://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQ/04kokuzeikankei.htm#a2-10
（上記より引用）
==========================================

つまり、マイナンバーの説明や説得等の経過を記録及び保存し、
単なる義務違反でないことを明確にしておくことが重要です。