無断で自転車通勤。「交通費の不正申請」の対応策は？

貴社の就業規則ではどのように定めていらっしゃいますでしょうか？
もし、「交通費は、最寄りの公共交通機関を利用した場合の額を
支給する」と記載されている場合、交通費は交通機関の料金の支払いではなく、
「通勤」という行為に対して支払われる賃金となります。

つまり、計算方法が便宜的に公共交通機関の料金を利用しているだけと
考えられます。この場合、同じような通勤距離で賃金に差を設けるのは
好ましくありませんから、交通手段にかかわらず同じ距離なら
同じ交通費と考えるのが一般的。バスでも自転車でも関係なく、
今回のケースは問題ないと言えます。

一方、「交通費はバス通勤の場合は○○円、
電車通勤の場合は○○円を支給する」というように、
利用する交通機関毎に支給額が決められている場合は、
申告した通勤手段以外の手段は、賃金の過払いとなるので、
貴社のケースであれば、自転車通勤した日数分は返還を
求めることができます。

交通費については、
労働基準法上には定めがなく、生活補助的な賃金の一種と
考えられています。したがって、交通費の範囲や支給額に
ついては、それぞれの会社の規定で自由に定めることができます。
どう対応されるかは、貴社次第となります。ご検討ください。