時間外手当を誤って低く支払っていました。どうしたらよいですか？

「賃金は、原則としてその全額を支払わなければならない」（労働基準法第24条－全額払の原則－）とされており、給与額の不足が判明した時点で、不足額を正しく計算し、遡って支払わなければなりません。

実務上では、不足額を精算する際に、雇用保険料や健康保険料など社会保険料の差額精算と、源泉所得税や住民税の精算処理も発生します。不足額の確定と合わせて保険料や所得税の処理もどのようにされるか確認が必要になりますので、ご注意ください。

尚、賃金の請求権は給与の支払日より2年間（労働基準法第115条）ですので、最大で2年間の支払い義務が生じる可能性があります。