社会保険料は休業手当から控除しても問題ありませんか？

労働基準法において賃金とは「賃金、給料、手当、賞与その他名称の如何を問わず、労働の対償として使用者が労働者に支払うすべてのものをいう」とされており（労働基準法第11条）、休業手当は「賃金」にあたります。
労災・雇用保険、健康保険、厚生年金保険の保険料計算の対象であり、源泉所得税の課税対象にもなりますので、通常の給与と同様に労働者負担分を給与から控除することは問題ありません。

また休業手当は賃金にあたることから「賃金支払いの5原則」（労働基準法第24条）も適用されます。
1）賃金は通貨で、直接労働者にその全額を支払わなければならない。
2）賃金は毎月1回以上、一定の期日を定めて支払わなければならない。

なお休業手当は、平均賃金の6割以上とされていますので、これを下回らないよう注意が必要です。

平均賃金の計算方法は、直近の3か月間（賃金締切日がある場合は直前の賃金締切日から3か月）の賃金を、その3か月の暦日数で割ったものになります。