契約社員が契約終了時期に入院。期間満了で辞めてもらって大丈夫？（人事労務Q&A）

結論から申しあげますと、契約期間満了で退職とすることは可能です。

ご質問のケースについては、「一定の期間又は一定の事業の完了に必要な期間までを契約期間とする労働契約は、他に特段の事情がない限り、契約期間が満了した場合には、自動的に労働契約が終了し、解雇の問題は生じない。」とされています。（厚生労働省通達S63.3.14基発150号）

つまり、入院期間中に雇用契約が満了するとしても、解雇とはならないという事になります。

ただし契約社員といっても様々な種類が考えられ、種類によっては、契約期間満了で退職とする事ができず、休業期間中とその後30日間は解雇できないこともあります。（労働基準法第19条第1項）

(1)純粋に有期労働契約と認められるもの
(2)期間の定めのない正社員と同じような就労事実があるとされるもの
(3)契約を何度も更新し長期間にわたって労働契約が継続している状態になっており、今後もこのまま契約が更新されると期待されているもの

(1)は期間満了とともに労働契約は終了するため、解雇の問題はありません（雇止めともいいます）。(2)(3)のいずれかに該当する場合は、契約内容によっては期間の定めのない正社員同様とされ、休業期間中とその後30日間は解雇できないこともありますので、ご注意ください。