入社後数日で退職してしまった社員の給与振込先が分かりません。どうしたらよいでしょうか？

労働基準法第24条には「賃金は、通貨で、直接労働者に、その全額を支払わなければならない」と定められており、ご認識の通り、たとえ一日であっても労働契約を結んで働いた労働者に対しては賃金の支払い義務が発生します。

後々のトラブルを防止するためには、“給与を支給したいので振込先を連絡してほしい（もしくは受け取りに来てほしい）”という旨を、内容証明郵便で連絡されるのがよいかと思います。

尚、賃金請求権の時効は2年間ですので、すぐに連絡がこない場合も、2年間の間に請求があれば、給与を支払う必要があります。