面接時に家族構成などアンケートで記入して頂くのですが就職差別につながりませんか？

お察しのとおり、家族構成に関わる質問は、応募者の適性・能力を中心とした選考を行うのではなく、本人の責任でないことがらで判断しようとしていることになります。これは就職差別に当たるため、不適切な質問です。アンケート形式をとっても、同じことです。

上記のように上司の方に説明しても上司の方が納得されない場合、一つの方法として、労基署の労働相談窓口などに問い合わせて、その回答（必ず問題があるから止める様指導されます）をもって説明されたら如何かと思います。ちなみに労働相談は社名を出す必要はありませんので”へたな相談をすると行政ににらまれる？”といった類の心配も不要です。