通勤交通費をガソリン代から公共機関で算出した額に変更できますか？

労基法上では通勤交通費に関しての支払い義務はありません。ただこれまで支給されてきたものですから既得権となっていますし、変更によって支給額が減る場合は、いわゆる不利益変更と判断されるリスクはあります。

殆どの会社で通勤交通費は就業規則の中の給与規定に定められていると思います。つまり就業規則の変更になりますので、従業員代表への意見聴取が必要ですし、全従業員に変更理由とその内容をキチンと説明することも重要です。また後々のトラブル回避の為に、1～2年の経過措置期間を設けるなどの施策をとられることも必要かと思います。