技術部の部長は、土日等に事務処理の為と称して出勤/出社を致します。その際には休日労働申請書を自分で承認をして会社に提出し、平日にその振替休日を取っています。就業規則には、休日に仕事をさせる事があるが振替休日をその社員に与える旨がうたわれているだけで、特に一般社員に対してあるいは部長職には適応しない等は言及していません。
そんなあるときは一般社員、あるときは部長扱いの振る舞いをする部長に何かよい説得方法あるいは理に叶った説明がないでしょうか？もしありましたら教えてください。

この技術部の部長が、労基法で定めるところの管理監督者であれば、一般論的には、管理監督者は休日勤務手当支給の適用除外です。ですので、自分の裁量で休日出勤し、休日勤務手当の適用除外であるにもかかわらず、振替休日の取得を自動的に適用させることには矛盾があります。

労働基準法では、第41条で「監督若しくは管理の地位にある者」（以下「管理監督者」といいます）については、「労働時間、休憩及び休日に関する規定は適用しない」となっています。というのも、管理監督者は経営者と一体的な立場にあって、自分自身が労働時間についての裁量権を持っているので、労働基準法による保護になじまないという理由からです。

「休日に勤務することは管理監督者としての裁量範囲で構わないが、その代替として平日に休むときは会社が特別休暇を与えるなどの承認をしない限り欠勤扱いとなる（勿論、年次有給休暇を取得するのはOK）」と、その部長の上司にあたる方から指導されてはいかがでしょうか。

また、この部長が労基法で定めるところの管理監督者ではないとしたら、労務管理上の指揮権限もないわけですから、自分で勝手に振替休日を申請・取得することは適切ではありません。労務管理上の指揮権のある管理監督者の許可を得る、という手続きを踏むことを徹底されるべきでしょう。